Démystifier la génomique

Prendre en main la génétique de son troupeau

Publié le 18/01/2017

Comment améliorer la rentabilité et la viabilité d’un élevage avec les nouveaux outils génétiques ? C’est le thème de la formation organisée récemment par la FDSEA du Bas-Rhin, en partenariat avec le Centre national interprofessionnel de l’économie laitière et l’Institut de l’élevage. « La possibilité de faire génotyper les génisses ouvre de nouvelles perspectives », indiquent les deux intervenants, Stéphanie Minery, de l’Institut de l’élevage, et Maxime Poizat, d’Élitest.

La génomique permet de connaître le potentiel génétique des animaux, à partir de l’ADN qui constitue les chromosomes. L’information génétique est répartie sur ces chromosomes, eux-mêmes porteurs des gènes. Le bovin a trente paires de chromosomes, dont la moitié provient du père et l’autre moitié de la mère. Le génotypage est la lecture de l’ADN à partir de prélèvement de cartilage. « On ne fait que lire l’information génétique, on ne fait pas de manipulation. C’est juste une extraction d’ADN », explique Maxime Poizat, d’Élitest. Ces informations sont stockées sur une puce de 54 k pour les taureaux ou une puce 10 k pour les génisses. « Le contrôle de performances reste d’actualité » À partir de ces données, il est possible de déterminer les différents index mesurant la supériorité génétique d’un animal par rapport à un groupe d’animaux de référence. Il existe plusieurs catégories d’index : index de production (quantité de lait, matière protéique, matière grasse), index fonctionnels (longévité, fertilité, facilité de vêlage), index de morphologie (mamelle, aplombs) et index de synthèse (INEL, ISU). Pour déterminer l’ISU (index de synthèse unique), il faut connaître la généalogie de l’animal sur au moins deux générations. « Une généalogie longue permet d’augmenter la fiabilité », ajoute Maxime Poizat. Auparavant, ces informations étaient obtenues par le contrôle de performances. « Le contrôle de performances reste d’actualité pour fiabiliser la génomique, contrôler l’élevage par rapport à une population donnée et apporter un suivi technique au niveau de l’élevage. » Certaines caractéristiques des animaux, comme le fait d’avoir des cornes ou non, ainsi que de nombreuses tares héréditaires, sont dirigées par un seul endroit du génome. D’autres caractères, tels que la performance, la taille ou la longévité, dépendent de différents endroits du génome, en plus des influences du milieu. De tels caractères sont appelés caractères quantitatifs. Un endroit du génome qui est étroitement associé à un caractère quantitatif, est appelé QTL (abréviation anglaise de Quantitative Trait Locus, Locus de caractère quantitatif en français). L’endroit exact des QTL sur le génome n’est pas toujours connu. Par contre, on connaît de plus en plus souvent leurs marqueurs, situés à proximité. « Les QTL sont des gènes d’intérêt identifiés dans la population de référence et sont relativement simples à déterminer », indique l’intervenant. Comment ça marche ? « On fait le lien entre génétique et performances en élevage grâce à tous les taureaux testés en élevage. Ces animaux constituent une population de référence qui doit se renouveler continuellement pour apporter de la variabilité génétique. » En race prim’holstein, la population de référence se compose de 33 000 taureaux. « On a intégré les femelles typées à cette population de référence pour obtenir une population la plus large possible. » La première détection de QTL remonte à 1996. Cinq ans plus tard a lieu la première sélection assistée par marqueurs (SAM). La deuxième génération de SAM arrive en 2008. La sélection génomique démarre véritablement en 2009 avec la première indexation officielle des mâles de race holstein, montbéliarde et normande. En 2011 sont publiés les premiers index officiels pour les femelles. 2014 marque la publication des premiers index en race brune. L’arrivée de la SAM4 en 2015 marque un grand tournant. Fin 2015, début 2016, la génomique est déployée vers les races régionales, la vosgienne, l’abondance, la tarentaise. Elle est également en route pour les races allaitantes. Concrètement, les éleveurs font des prélèvements de cartilage sur les veaux femelles. Ces échantillons sont envoyés par les organismes de sélection, le centre d’insémination, le contrôle laitier, dans l’un des laboratoires agréés pour le génotypage. Ce dernier effectue une analyse ADN à partir d’une puce moyenne densité. Les résultats de cette analyse permettent d’établir l’index génomique de l’animal, grâce aux modèles de l’Inra et de l’UMT3G. Un véritable outil de sélection des femelles De la demande d’analyse au retour de l’index, il s’écoule en général un mois, au maximum trois. En fournissant les index dès la naissance, la génomie permet une sélection plus efficace, plus rapide, sur davantage de caractères, avec une même précision pour le veau mâle ou femelle. Faire rapidement des choix éclairés dans son cheptel, tel est l’avantage de la génomique, explique Maxime Poizat. « Le potentiel de sélection augmente régulièrement, avec une sélection très marquée sur la voie femelle. L’éleveur peut faire des choix plus pertinents en fonction de ses objectifs, éviter les réformes subies en choisissant les femelles dont il a besoin. » En race holstein, le génotypage coûte 50 € par animal sur la base de 5 à 20 animaux. Élitest propose un contrat aux éleveurs qui acceptent de génotyper toutes leurs femelles qui naissent dans l’élevage, à un prix de 40 € pour la prim’holstein ou la charolaise, 30 € pour la montbéliarde ou la vosgienne. « En charolais, explique Rémy Bierbaum, technicien chez Élitest, on peut génotyper des mâles, ce qui n’est pas possible pour les races laitières. » Quelle est la fiabilité des index ? « L’index est une estimation du potentiel génétique. » Le CD (coefficient de détermination) indique sa précision. Plus le CD est élevé, plus l’index est précis et donne une information fiable sur le potentiel génétique de l’animal. « En généalogie seule, on obtient un CD maximum de 0,3 pour le caractère laitier, ce qui donne une image floue de l’animal. En combinant généalogie et génomique, les CD tournent entre 0,50 à 0,70 selon les critères. Si vous y ajoutez les performances, vous aurez une fiabilité beaucoup plus grande, de l’ordre de 0,70 à 0,75 pour le lait et de 0,60 à 0,65 pour la fertilité et la longévité. » Plus la population de référence est importante, plus la précision de l’indexation est élevée, ajoute Maxime Poizat. De jeunes taureaux affichent un ISU très élevé mais un peu moins fiable. Mais même si la fiabilité est moins élevée, la moyenne des taureaux génomiques est plus haute que celle des taureaux en sélection classique. « Utiliser des taureaux génomiques permet incontestablement d’augmenter le potentiel génétique du troupeau. C’est une sacrée avancée au niveau de la qualité : on utilise la fraîcheur des jeunes taureaux, et on a des moyennes plus élevées que celles des taureaux confirmés. » La génomie change la donne : il vaut mieux utiliser cinq taureaux différents sur cinq vaches, plutôt que de se cantonner à un seul taureau pour avoir une moyenne de femelles intéressante. « Cela évite aussi les problèmes de consanguinité. » Dans le Bas-Rhin, Élitest dispose de 1 500 résultats de génotypage, explique Rémy Bierbaum. « Nous sommes sur des ISU entre 125 et 197. Nous suivons 500 animaux à plus de 150 d’ISU dans le Bas-Rhin. » Pour lui, la génomique est moins élitiste que la sélection classique : il peut y avoir de bonnes vaches dans des élevages qui ne sont pas forcément férus de génétique. « C’est à nous de les chercher, à condition de connaître leur généalogie », affirme-t-il. Dans tous les élevages, l’index des pères a une importance, de même que des conditions d’élevage. La génétique ne s’exprime pas de la même façon, selon qu’un élevage a de bonnes conditions d’élevage ou pas. Si les conditions d’élevage sont défavorables, l’éleveur aura beaucoup plus d’impact en sélectionnant sur les bons critères. « Les résultats sont toujours la combinaison entre niveau génétique et conditions d’élevage », souligne Maxime Poizat. La génomie permet de détecter très vite les tares génétiques. Il suffit d’une prise de sang pour détecter des caractères pénalisants comme l’ataxie. Les chercheurs ont notamment identifié le gène de l’ataxie, du blind, du CDH (Cholestérol Deficiency Haplotype), du jarret inversé, du palais fendu. « Repérer de telles anomalies est un sacré plus. » À l’inverse, on peut aussi détecter des gènes recherchés, comme le sans corne ou le culard. Estimer l’impact économique de chaque caractère La génétique permet d’améliorer le revenu de l’éleveur. Des simulations ont été effectuées pour estimer l’impact économique des différents caractères, afin d’évaluer le gain engendré par l’amélioration du troupeau et de les hiérarchiser. L’éleveur qui améliore de 1 % la fertilité du troupeau verra le nombre de réformes baisser, aura plus de multipares et moins de primipares, moins de vêlages difficiles, moins de génisses de renouvellement, et son coût de reproduction baissera. À l’inverse, le coût de l’alimentation des veaux augmentera, de même que celui des mammites, et les recettes de la vente des vaches de réforme baisseront. « À l’échelle d’un troupeau de 60 vaches, le bénéfice attendu d’un gain de 100 kg de lait est de 920 € par an, celui des cellules de 930 €, celui de la longévité de 840 €. » Le gain économique dû à l’amélioration du troupeau est de 60 € pour 20 points d’Inel par femelle et par an et de 100 € en ISU, indique encore Maxime Poizat. La révolution génomique prend de plus en plus de place. « Nous réfléchissons comment la diffuser le mieux possible. On s’oriente vers une segmentation de notre offre génomique, sur différents critères : durabilité, autonomie, production, sans corne, rouge, etc. Dans une plaquette avec 90 taureaux, l’éleveur a du mal à faire son choix. » Les priorités changent, elles aussi, des critères comme le travail prennent de l’importance, alors que d’autres, comme la matière grasse, évoluent.

EARL Les Nouves à Bretten

Du lait livré en Allemagne

Publié le 17/01/2017

Installé sur l’exploitation familiale à Bretten depuis 1990, Gilles Schnoebelen a toujours été producteur de lait. Son secteur, éloigné des grands axes routiers, est dépourvu de laiterie. Depuis cinq ans, sa production est entièrement livrée en Allemagne. Une expérience intéressante…

Âgé de 48 ans, Gilles Schnoebelen est installé avec son épouse Sylvie. Leur fille, Marie, 23 ans en avril, est salariée sur cette exploitation de polyculture élevage. « Quand j’ai succédé à mon père à sa retraite, j’ai poursuivi l’activité laitière. Aujourd’hui, nous faisons en moyenne 800 000 litres avec nos 90 vaches de race holstein et, depuis 15 ans, 25 % en simmental. Une race que j’ai choisie pour sa viande. Nous élevons tout le cheptel et nous vendons peu de veaux. Pour les cultures, nous avons essentiellement du blé et du maïs. Mais, de moins en moins de maïs car les rendements sont en baisse et on a besoin de paille. Les vaches sont en pâture au printemps avec comme première alimentation, l’herbe. Nous avons suffisamment de prés autour de l’exploitation. Nous avons pensé aux circuits courts pour optimiser nos produits, mais Bretten, c’est un peu loin de tout. Et seul, ce n’était pas possible », explique Gilles Schnoebelen. Un GIEPLSE Pour l’activité laitière, son père faisait à l’époque la collecte pour Schmitlin avant de se consacrer pleinement à l’exploitation. Suite à Schmitlin, le lait a été livré à la coopérative Alsace Lait puis à la coopérative de Belfort et enfin à la laiterie fromagère Mulin à Besançon pour une durée de sept années à chaque fois. Mais, en septembre 2010, Mulin dénonce le contrat liant les deux parties, voulant récupérer du litrage dans une autre zone géographique. « Nous nous sommes trouvés devant une dénonciation de contrat de la part du collecteur. La collecte était assurée par un prestataire (Scherrer). Cela nous a permis d’aller voir ailleurs avec la possibilité de faire du rendu quai. On s’est alors tourné vers les laiteries des environs : Ermitage, Sodiaal, Alsace Lait, Lactalis. Toutes nous ont répondu la même chose. Elles n’avaient pas besoin de volumes supplémentaires ou dans des délais qui n’étaient pas adaptés à notre situation. Sans débouché possible en France, on s’est alors tourné vers l’étranger », explique Gilles Schnoebelen. Dans le même temps, il crée en avril 2011 avec d’autres éleveurs concernés - Christien Schnebelen de Heimersdorf, Thierry Itty d’Altenach, Isabelle Schirck de Novillard dans le Territoire de Belfort, Gilbert Rein à Seppois-le-Bas et Jean Sirlin à Hirsingue - le groupement d’intérêt économique des producteurs de lait du Sundgau et des environs (GIEPLSE). Jongler avec les règles différentes « Cela nous a permis d’obtenir un agrément en tant qu’acheteur de lait et ainsi de pouvoir organiser la collecte auprès des adhérents, de faire la gestion des volumes pour FranceAgriMer, de facturer la production de lait et de vendre sur le marché français ou à l’export. » Après un premier contact finalement négatif et des recherches élargies dans une zone géographique plus importante, les éleveurs trouvent un accueil favorable chez Omira, une coopérative allemande dont l’usine la plus proche était située à Rottweil dans le district de Fribourg-en-Brisgau et le siège à Ravensbourg. « Mais, la crise est également passée par là-bas. En 2013, Omira s’est restructurée avec un nouveau conseil d’administration et un nouveau directeur. Le site de Rottweil a été fermé. Nous livrons depuis le lait à Ravensbourg, 70 kilomètres plus loin », explique Gilles Schnoebelen. La collecte se fait toutes les 48 heures. Scherrer vient chercher le lait en tant que prestataire pour Omira. « Les débuts ont été laborieux. Comme c’était du lait exporté, nous avons rencontré des difficultés avec l’administration française pour avoir toutes les autorisations. Aujourd’hui encore, il faut jongler avec les règles différentes dans les deux pays. Les analyses de lait réalisées par les laboratoires allemands par exemple, ne sont pas reconnues par la France alors que l’on a les mêmes normes Iso. Nous sommes donc obligés de faire des analyses sanitaires en France que nous payons, évidemment, environ 1 000 € par an. Concernant le paiement du lait, c’est différent en Allemagne. Il faut respecter les normes en vigueur. Il n’y a pas de classification intermédiaire. Ou tu es bon ou tu ne l’es pas. Le paiement allemand est plus simple qu’en France. Il n’y a pas d’engagement à faire sur du volume. Nous appliquons la grille allemande en respectant la réglementation européenne », ajoute Gilles Schnoebelen. En moyenne, peu d’écarts de prix En tout, ce sont 32 producteurs de lait français, essentiellement situés dans le Sundgau et dans le nord du Territoire de Belfort, qui livrent leur lait en Allemagne. Ils représentent 14 millions de litres. Mais comme en France, la crise du lait est une réalité en Allemagne. Elle a même touché plus durement le prix outre-Rhin en raison d’une plus forte réactivité du marché. Le prix est fixé mensuellement en fonction du marché national et des ventes de la laiterie. « Un exemple. On a bien vendu en décembre et du coup le prix du lait augmente en janvier. Il n’y a pas de lissage des prix. Il y a parfois des primes de 10-15 € qui viennent des acheteurs comme Lidl ou Nestlé. On a connu le meilleur avec 420 € les 1 000 litres en 2014 (à l’époque en France, ce prix était de 380 €/1 000 l) et le pire avec 225 €/1 000 l en juin 2016 (en France, 265 €/1 000 l). Si nous prenons une moyenne quinquennale, il y a peu d’écart de prix entre les deux pays. En 2016, nous sommes malheureusement largement en dessous du prix français. En novembre dernier, nous étions, comme en France, à 290 €/1 000 l et là, nous devrions repasser les 300 €/1 000 l. » « Cette expérience est intéressante car elle nous a permis de voir ce qui se fait autour de nous, aussi bien du côté des producteurs que du côté des laiteries. Nous voyons une autre gestion de la filière, très différentes de l’organisation française, même si la frontière est toute proche. La non-contrainte du volume nous permet d’atténuer l’effet de la baisse du prix du lait. Pour être là demain, il faudra faire du volume. Ce qui est possible en Allemagne et pas en France où l’on bride les exploitants performants. Personnellement, je n’ai donc pas envie de revenir en arrière même si, en 2017, nous comptons reprendre contact avec les laiteries françaises pour, éventuellement, avoir la possibilité de partager les volumes et avoir ainsi deux sorties pour notre lait », conclut Gilles Schnoebelen. Dans tous les cas, c'est en assemblée générale que les grandes décisions sont prises. Qu'importe ce que l'avenir lui réserve, l'éleveur souhaite garder sa liberté dans ses décisions acquise par cette expérience.

Élevage laitier

Au Gaec Millemann, les vaches ont la vie longue

Publié le 16/01/2017

L’allongement de la période de production est l’un des leviers de la rentabilité en élevage laitier. À Reichshoffen, Denis Millemann et sa sœur Christine en ont fait l’une de leurs priorités.

« Plus une vache reste productive longtemps, plus elle est rentable ». Les associés du Gaec Millemann, à Reichshoffen, l’ont compris depuis longtemps : du temps des parents, Alfred et Annie Millemann, l’une des vaches de l’élevage a été la première du Bas-Rhin à franchir les 100 000 kg de lait de production. Alfred Millemann, toujours actif sur la ferme bien que retraité, a conservé une photo de l’animal, Tulipe, prise la veille de son départ pour l’abattoir. Issue d’un embryon américain vendu par l’Uneco, Tulipe « a fait neuf lactations et elle a eu 12 veaux vivants, pratiquement que des femelles. C’est à partir de cette vache qu’on a développé notre élevage. » Alors qu’Alfred et Annie Millemann ont passé le flambeau à leurs enfants, Denis et Christine, la recherche de vaches à carrière longue reste d’actualité au Gaec Millemann. La preuve ? À la fin de l’année 2016, le troupeau comptait trois vaches ayant dépassé les 100 000 kg de production : Uranie affiche 137 780 kg à la clôture de l’année 2016, Variole pointe à 111 659 kg, tandis qu’Alexie, réformée depuis, a atteint 107 459 kg en six lactations (lire notre encadré). De la luzerne à brins longs pour les veaux De telles carrières ne doivent rien au hasard, précise Théo Kuhm, conseiller d’Alsace Conseil Élevage qui suit le Gaec Millemann avec compétence depuis 25 ans. « C’est un ensemble de facteurs qui fait qu’on a des vaches qui durent », souligne Denis Millemann. Le premier critère, selon lui, est l’élevage des veaux. « J’essaie d’avoir des veaux avec un bon développement de la panse », explique l’éleveur. Pour y parvenir, il les nourrit, une fois sevrés, avec un mélange de céréales et de luzerne à brins longs. Il attache un soin tout particulier à la culture de la luzerne, notamment à sa récolte. « Il faut obtenir le maximum de protéines », indique Denis Millemann, qui insiste sur la nécessité de récolter au bon stade et « pas que des tiges ». À cet égard, la technique de récolte a son importance mais elle ne fait pas tout : certaines années sont plus propices que d’autres à la récolte d’une luzerne de qualité, reconnaît l’éleveur, qui en cultivait 3 hectares en 2016 contre une bonne dizaine certaines années. La génétique est le second critère qui influence la longévité des laitières. Le choix des taureaux est réalisé en collaboration étroite avec Rémy Bierbaum, d’Élitest. Il s’agit de cibler des taureaux améliorateurs et adaptés au type de vaches de l’élevage Millemann : de grandes vaches, bien développées, issues d’une sélection longtemps axée sur le gabarit. « Comme elles sont logées sur aire paillée, nous ne sommes pas limités par la longueur des logettes », explique Denis Millemann. La réalisation du planning d’accouplement est facilitée par la fine connaissance que la famille Millemann a de son troupeau. Grâce aux semences sexées, il est aussi plus facile de préserver les meilleures lignées. Les choix génétiques opérés ont ainsi permis d’augmenter régulièrement le niveau de production - il frôle les 12 000 kg de moyenne à 7 % en 2016 - sans dégrader la longévité. Le confort sur aire paillée Pour les génisses, l’éleveur a fait le choix d’un vêlage à 32 mois. « On peut se le permettre car elles passent moitié de l’année à l’extérieur. On est dans un système extensif », rappelle Denis Millemann. Ce qui est perdu à l’entrée de la carrière, du fait d’un premier vêlage tardif, se rattrape plus tard : en effet, les génisses arrivent au vêlage bien développées et comme elles ont achevé leur croissance, elles sont rapidement productives et ont toutes les chances de le rester longtemps. Dernier élément pouvant expliquer la longévité des vaches du Gaec Millemann : les conditions de logement et plus généralement d’élevage. Les 70 laitières sont logées dans une étable construite dans les années 1980 offrant une superficie suffisante et un couchage sur aire paillée propice à leur confort. « On a le souci de ne pas mettre trop de vaches dessus, sinon on peut vite aller à la catastrophe », relève Denis Millemann. En été, elles ont accès à un parcours extérieur, ce qui leur permet de faire de l’exercice et évite les problèmes de patte. Enfin, l’éleveur est attentif à l’alimentation de ses laitières : il s’efforce de leur apporter un fourrage de qualité, provenant de la soixantaine d’hectares de prairies que compte l’exploitation, et veille à ce qu’elles ruminent en leur mettant du foin à disposition au cornadis pour compléter leur ration.